甜瓜蒂有毒，当用它进行催吐时，有副作用是一定的。且其催吐效果是因人而异的，在不同体质的人身上有明显的个体差异，自行服用有一定的危险性，一般医生都不会建议用甜瓜蒂催吐。
甜瓜蒂中含有葫芦素和甜瓜毒素，这两种都是毒性大的氰苷类化合物，口服过量时，甜瓜所含氰化物可与体内氧化型细胞色素氧化酶三价铁结合，抑制细胞色素的氧化作用，使细胞出现缺氧情况，最终导致窒息而死此外，甜瓜毒素和葫芦素对胃肠道粘膜有剧烈的刺激作用。
服用甜瓜蒂有副作用，其一可能会引起中毒反应，主要表现为剧烈呕吐、胃部灼痛、呕吐物含血和胆汁；腹泻、腹部不适、大便呈水样；口干、无尿；烦躁不安、神志不清。严重者脉搏细弱、电解质紊乱、血压下降、接着脱水、昏迷，心电图显示心肌损害，最后因呼吸麻痹而死亡。其二是可能引起药疹，主要表现有皮肤灼痛、红斑、压之褪色，有触痛。
当甜瓜蒂催吐出现副作用时，若表现为呕吐不止，可用半夏5g、甘草6g，水煎2次，合在一起。每3小时服1次，2次服完；用一些药物治疗呕吐现状，如服用吗叮啉片；用1：5000高锰酸钾洗胃，然后口服药用炭，吸附未被吸收的毒物；静脉补液，促进毒物排出体外，纠正电解质紊乱情况。若出现药疹，可以涂些地塞米松，或服用葡萄糖酸钙、维生素C片。
