化疗虽然抑制肿瘤细胞的分裂，从而有效地治疗膀胱癌，但是同样的我们也要注意，化疗还会引起一些列的副作用：
第一，引起局部的炎症。患者在化疗之后比较容易患上膀胱炎，一般化疗灌注一到两天有明显的尿频尿急的症状，而且排尿的时候会有尿痛症状，通过膀胱镜检查可以看到患者的膀胱粘膜有广泛的水肿。
第二，导致尿血的发生。一旦发生病人有尿血的情况，如果是使用卡介苗这种药物进行灌注的患者，此时就要暂缓灌注治疗，否则会有可能造成结核杆菌侵入，甚至会引起败血症和休克的严重后果。
第三，出现全身性副反应。特别是使用卡介苗灌注的膀胱癌患者，有时候会出现发烧、低热、盗汗等症状，有些患者甚至出现肌肉酸痛的情况。这是因为轻度的结核菌感染入侵所致。
