阿米巴结肠炎的发病原因是溶解组织内阿米巴原虫感染。近年来，有人报道溶解组织内的阿米巴原虫中，有些人没有致病能力，可以长期生存在肠道中，不会引起症状。无病虫株与有病虫株不同的表面抗原成分，不产生蛋白溶解酶，宿主血中也不产生相应的抗体。溶解组织阿米巴原虫在其生活史上出现了滋养体和包期两种不同形态。
包装被人食用后，可以无损通过胃和小肠上段，在小肠下段消化胰蛋白酶，具有4个核成熟包装，脱囊成为小滋养体(直径7~20μm)，寄生在肠腔中，以细菌为食物，不损伤肠壁组织，双方分裂繁殖，在缺氧机体抵抗力不足或局部肠粘膜受损时，小营养体可成为大营养体(直径20~40μm)，溶解组织酶可破坏肠壁组织，侵入肠粘膜和粘膜下层，大量繁殖，形成局限性粘膜下脓肿，内容主要为坏死性物质，脓肿破裂，形成烧瓶样溃疡。
溃疡与溃疡之间的黏膜基本正常，这一点与细菌性痢疾显然不同。当机体抵抗力增强时，大滋养体可变为小滋养体，并可进一步变为 包囊（直径10μm左右），随粪便排出体外。在凉爽潮湿的环境中可以生存2~4周，冰箱可以生活6~7周，但是不耐热，在50℃下可以生存5min。只有4个核的成熟包囊，才有传染性，1～2个核的未成熟包囊 无传染性，但在合适的外界环境中，可以发育成4个核的包囊。大小滋养体如排出体外，均很快死 亡。病程延长时，肠壁组织的破坏和缔结组织的增殖同时进行，肠壁肥厚，肠腔狭窄，偶尔由于缔结组织的过度增殖而形成阿米巴瘤。
