一、本病的治疗原则是
选用有效药物，根治肠道内阿米巴；纠正水、电解质紊乱；预防并发症，尤其是腹膜炎的发生。
1、一般治疗包括增强体质、减轻症状、补充体液和纠正电解质紊乱等。
2、病原治疗病原治疗大多需要抗组织内与抗肠腔内阿米巴药联合使用，在严重流行区，可间歇性集体服用甲硝唑或二氯尼特（二氯散糠酸酯）。
二、抗组织内阿米巴药
包括甲硝唑、替硝唑、去氢依米丁等。首选甲硝唑，1.0～1.2g/d，分3次餐后服，连服5～10天；儿童50mg/（kg·d），分3次服，连服7天。副作用主要是胃肠反应，早产和哺乳期妇女禁用。此外，服药前后不得饮酒。否则，就会发生戒酒硫的反应(颜面变红，脉搏加快，呼吸困难，出疹子，呕吐，颜色苍白，低血压，严重者心律失常，心肌梗塞等)。替硝唑剂量为成人1~2g/d，儿童30~40mg/(kg.d)，早上服用，连续服用5天，该药吸收快，半衰期长，副作用小。
三、抗肠腔内阿米巴药
1、四环素对肠腔肠壁滋养体有效，剂量500mg，4次/d，连服5天。卤化羟基喹酮口服效果好，肠腔内浓度高，对轻量和无症状包装者有效，该药物含喹碘方，剂量500mg，3次/d，连续服用10天，1%溶液100~150ml可保留灌肠，双碘羟基喹酮剂量600mg，3次/d，连续服用15~20天，该药物主要副作用为腹泻，偶尔恶心、呕吐、腹部不适，对碘过敏者和甲状腺疾病患者禁用。二氯尼特是新合成的抗阿米巴药物，剂量为500毫克，3次/d，连续服用10天。
2、暴发性阿米巴肠病用甲硝唑或依米丁(吐根碱)，加入广谱抗生素(四环素)的慢性阿米巴痢疾用甲硝唑或替硝唑1或2个疗程，还没有治愈的人，可以用其他作用于肠内原虫的药物，如喹碘方等治疗。
四、对症治疗
高热者退热，呼吸衰竭者使用中枢性呼吸兴奋剂，如尼可刹米等，同时纠正水和电解质紊乱的肠出血和休克发生时输血，加入血管活性药物的细菌混合感染时，选择适当的抗生素治疗等。
五、并发症治疗
1、肠穿孔治疗:发生肠穿孔者应立即手术探索。小孔可缝合修补，同时放置腹腔引流多发孔发穿孔和穿孔大，肠壁死，估计修补困难时，应考虑局部结肠切除。一致困难时，外置两端造口或穿孔肠段，然后进行二期肠一致手术。患者情况危急，穿孔肠段切除和外置困难时，只有近侧肠管端式或褶皱式造口，才能引流穿孔坏死部位置管。术后积极治疗阿米巴病及腹膜炎。这种患者术后预后不良，病死率高。
2、结肠阿米巴肉芽肿:药物治疗无效，需要手术治疗，其方法是切除肉芽肿肠段，做肠吻合术。
3、阿米巴病阑尾炎:术前难以确诊，一般在手术中除阑尾病变外，盲肠壁也变厚，考虑到肠阿米巴病的可能性，需要药物治疗。阑尾切除术后，留端愈合不良，形成脓肿，或引流后形成瘘管时，取引流物送病理检查，找到阿米巴原虫明确诊断，用药治疗后可能愈合。
