体内的特异性抗体可以抵御病原体的感染。这是因为抗体可以和抗原结合，使抗原失去毒力或失去侵害机体细胞的能力，抗体还会协助其他免疫细胞发挥抵御疾病的作用。从理论上讲，体内如果有针对疫苗的抗体可以降低或完全消除疫苗的免疫反应。
但是，这种抗原-抗体的反应一般只会影响减毒活疫苗的作用，对灭活疫苗没有影响。例如：新生儿体内有来自于母体的麻疹抗体，所以在出生后8个月以前接种麻疹减毒活疫苗，常常导致免疫失败。这是因为减毒活疫苗包括的抗原很少，接种后必须先在体内复制，然后才能诱导机体产生抗体。可是，体内如果有针对疫苗抗原的抗体，疫苗在体内还没有复制就被抗体消灭了。
因此，减毒活疫苗不能与免疫血清或免疫球蛋白同时使用，接种了减毒活疫苗后，至少2周以后才能使用含有抗体的血液制品;如果已经输注了含有抗体的血液制品，接种减毒活疫苗(如麻疹疫苗)的时间至少要间隔3个月，血制品使用后甚至要间隔11个月才能接种减毒活疫苗。但是，这种情况也有例外。
体内的抗体对卡介苗没有影响，因为卡介苗的免疫作用与抗体。对口服和鼻腔内接种的减毒活疫苗也无明显影响，如：口服脊髓灰质炎疫苗、口服轮状病毒疫苗、口服伤寒菌苗、鼻腔内接种的流感减毒活疫苗，因为这些疫苗只在肠道和鼻腔的接种部位复制，诱导局部产生抗体，不会进入血液。
在我国，黄热病疫苗不受血液制品的影响，因为我国属于非黄热病疫区，很少有人体内存在黄热病抗体，血液制品中也不会含有黄热病抗体。因此，使用血制品后仍可以接种黄热病减毒活疫苗。
灭活疫苗通常不受体内抗体的影响。这是因为灭活疫苗的抗原剂量足够，进入体内后可很快刺激免疫系统产生抗体。有时(疾病暴露后预防)，免疫球蛋白甚至可以和疫苗同时应用(主动-被动联合免疫)。例如：狂犬病暴露后，可以在伤口周围注射狂犬病免疫血清或免疫球蛋白，然后再接种狂犬病疫苗。
乙型肝炎病毒感染的母亲所生的新生儿在出生12小时内立即注射乙型肝炎免疫球蛋白，然后24小时内接种乙型肝炎疫苗。需要注意的是，这种疾病暴露后预防一般要先注射免疫球蛋白，后接种疫苗，而且两者要注射在身体的不同部位。
