前列腺结核大多同时侵犯双侧。早期结核病变出现于前列腺和精囊内的血管附近、黏膜下、导管口或射精管口附近，以后可扩展到前列腺两侧叶、精囊或附睾。和其他部位的结合一样，前列腺结核早期为卡他性病变，血管周围有小而密的结合结节。黏膜下病变进一步发展，可致腺体上皮破坏消失，形成结核肉芽肿、干酪化。干酪区可见于前列腺的任何部位，其中央坏死，周围有类上皮巨细胞围绕。最后液化或形成脓肿，坏死组织自前列腺管排出而遗留空洞。修复时纤维组织替代结合组织，整个腺体纤维化，致使前列腺增大，呈结节状且不规则，与周围器官紧密粘连，坚硬度与癌肿近似。
病变严重时可扩展到前列腺周围组织，使精囊正常组织消失，结核组织密集，干酪样病变广泛，并可使输尿管末端狭窄。如脓肿形成，可向会阴部溃破，成为持久不愈的窦道。也可向膀胱、尿道或直肠溃破。最终前列腺结核将继发感染，或钙化而愈合。在显微镜下观察，前列腺结核表现为典型的结核结节，包括中信部位的干酪样坏死，周边在上皮样细胞、组织细胞核郎罕巨细胞，外周的淋巴细胞和成纤维细胞形成的肉芽肿性结节。早期病变中信并无坏死，而只在腺体周围有组织细胞形成的小结节，中心为巨细胞，周边为淋巴细胞，整个腺体呈慢性炎症性改变。
