中医灌肠时药物无腐蚀性，规范操作对身体伤害不大。但药物有腐蚀性或频繁灌肠、灌肠时操作不当等，对身体危害较大。
中药灌肠分为清洁灌肠和保留灌肠两种类型，清洁灌肠是为做肠镜检查、肠道手术，彻底清除肠道内的粪便而进行的治疗。保留灌肠是将中药灌入肠道保留一段时间，通过肠壁吸收达到治病目的的治疗方法。只要药物对身体健康无太大影响，规范操作，灌肠是没有损害的。
但灌肠所使用的药液对肠黏膜有腐蚀作用的药物，很可能会损伤肠黏膜，有腹胀、腹痛、便血等表现。频繁灌肠会导致肠道内的益生菌流失，使肠道菌群失调，也可能有腹痛、腹泻、便秘等症状。灌肠利用药物强制使肠道产生排便反应，如灌肠次数过多，使肠道敏感性下降，形成依赖性，不灌肠就不会有排便反应，对身体健康危害很大。灌肠时手法过于粗暴，也可能会导致使黏膜损伤，出现感染。
