真菌性精囊炎病程一般在1~2周或更长。如果症状不见减轻，白细胞会出现总是升高，严重的会形成精囊或前列腺的脓肿，出现前列腺、尿道、直肠及会阴的刺激症状。真菌性精囊炎有4种感染途径：
血行感染
血性感染真菌引起的急性精囊炎以全身症状为主，包括全身疼痛不适、虚弱、体温升高、畏寒、恶心、呕吐等。
爆发性感染
真菌爆发性感染导致的精囊炎具有高热、寒战、虚脱、及毒血症表现，同时伴有输精管炎者具有严重的下腹部疼痛，类似腹膜炎的体征。
后尿道感染
真菌在后尿道感染导致精囊炎时，由于炎症刺激膀胱颈及后尿道导致排尿困难，部分患者有尿频、尿急等膀胱刺激症状。还会出现血尿，可为全程血尿，也可为初始或终末血尿，尤以排精后初血尿多见。同时精囊肿大，会阴及直肠内巨痛，大便时疼痛加剧。
急性严重感染
真菌急性炎症感染可引起性交剧痛，影响性功能。出现血精，精液外观呈粉红色、暗红色或咖啡色，可持继数年，常无射精痛，以20～30岁多见。血精为首发症状而就诊者占40%左右。
